(二)从事农产品粗加工的多，精深加工的少。虽然我市部分农产品加工龙头企业不断加大投入力度，加快技改步伐，生产设备和技术水平有所改进，但大多数农产品加工企业的生产设备和技术水平偏低，生产工艺比较落后，生产加工能力与水平整体上还不能得到较快的提高，深层次加工的数量比重小，多层次开发的产品少，产品档次低，进入中低端市场的较多，不能适应快速发展的消费市场的需求。有的甚至还停步于传统的手工作坊和简单的机械生产，劳动生产率低下。
(三)精品名牌少，知名度不高。我市虽然培育了“凤凰王”金水柑、“春之源”食用油等几个国家、省级农产品品牌，但因有些地方和企业经营者缺乏商标品牌意识，创牌积极性不高，没有形成自主特色品牌，产品定位不突出，传统产品多，特色品牌少，中低档产品多，名优产品少。
(四)企业与基地的联系不够紧密，缺乏稳定性和规范性。发展农产品加工业，就是要让农民合理分享农产品加工、流通增值中的利润，帮助和带动农民增收。我市农产品加工龙头企业虽然在这方面作了积极的探索，如新世纪食品采取“三包”方式发展朝鲜蓟基地、仙草米业和龙之泉采取“订单农业”方式分别发展优质稻和红薯基地等，涌现出了许多好的典型，但多数龙头企业与基地、农户利益联结不够紧密，缺乏稳定合理的有效机制，基地与企业没有形成稳定的农产品供求关系，多数是农产品合同契约型，服务型、保护型不多，加上双方义务和权利不明确或无规范措施，单方面违约或毁约现象十分普遍。同时，我市推动土地流转，发展适度规模经营才刚刚起步，龙头企业建立的基地比较分散，并且缺乏有效的中介组织连接，导致企业在短时间内收购足量的原料十分困难。
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