按照第三批学习实践活动的目标要求和3个阶段6项工作任务，加强对基层医疗卫生单位学习实践活动各阶段工作的行业指导。
第一阶段：学习调研。主要抓好学习讨论、调研走访两项工作。
学习讨论要注重统一思想。组织党员干部认真学习党的十七大和十七届三中、四中全会精神，学习《毛泽东邓小平江泽民论科学发展》和《科学发展观重要论述摘编》等规定书目，学习中央有关重要会议和文件精神，学习党的民族政策，学习卫生部和各地编写的辅导教材。通过学习讨论，深刻领会中央关于深化医药卫生体制改革的基本原则和目标任务，坚持把维护人民群众健康权益作为基层医疗卫生工作的出发点和落脚点，切实把基层医疗卫生人员的思想统一到坚持卫生事业科学发展的要求上来。
调研走访要与征求群众意见、查找存在突出问题结合起来，努力增强学习实践活动的针对性。基层医疗卫生单位的领导班子成员中的党员、党组织负责人要深入科室班组、村镇社区，广泛听取干部职工、患者和群众的意见和建议，找准本单位存在的突出问题。要把调研走访与转变服务态度、优化服务流程、提供便民措施、帮助患者解决实际困难结合起来，努力增强学习实践活动的成效。
第二阶段：分析检查。主要抓好召开专题民主生活会和组织生活会、撰写分析检查报告两项工作。
规模较大、党员人数较多的基层医疗卫生单位要组织召开领导班子专题民主生活会、撰写分析检查报告；其他单位要召开专题组织生活会，并形成简要的分析检查材料。召开专题民主生活会和组织生活会时，各基层医疗卫生单位领导班子成员中的党员、党组织负责人要带头围绕深入贯彻落实科学发展观这一主题，分析检查本单位在落实医改任务、提高服务水平、改进医德医风、增进人民健康等方面存在的差距与突出问题，深刻分析原因特别是主观方面的原因，努力形成推动本单位事业科学发展的共识和正确思路。撰写领导班子分析检查报告，要从单位实际出发，实事求是地检查分析存在的主要问题，提出今后贯彻落实科学发展观、推进本单位各项事业改革发展的主要方向、总体思路、工作要求和主要举措，提高分析检查报告的质量。分析检查报告要防止写成一般性的工作报告。主要领导干部和领导班子成员要尽早介入、全程参与研究起草工作，加强集体讨论，使研究起草分析检查报告的过程成为进一步深化认识、形成共识的过程，成为进一步明确贯彻落实科学发展观的思路、目标和措施的过程。初稿形成后，召开党委会或支委会充分讨论，并以适当方式广泛听取各方面意见，反复修改完善。分析检查报告形成后，组织党员干部、员工对分析检查报告进行评议，特别要注意吸收熟悉情况、有较强议政能力的群众参加。可根据实际情况，采取召开座谈会或书面评议等灵活多样的形式进行评议。着重从对科学发展观的认识深不深、查找的问题准不准、原因分析得透不透、发展思路清不清、工作措施行不行等方面进行评议。评议中提出的合理化建议及时补充到分析检查报告中来。分析检查报告和评议结果在一定范围公开。
第三阶段：整改落实。主要抓好制定整改落实方案、解决突出问题两项工作。
规模较大、党员人数较多的基层医疗卫生单位要制定整改落实方案，其他规模较小、党员人数较少的单位要制定整改落实措施。各单位要按照科学发展观的要求，针对基层医疗卫生机构需要解决的重点问题，结合落实医药卫生体制改革各项具体工作任务，立足本单位工作实际，以分析检查报告为依据，针对查找出来的突出问题和需要完善的制度，按照轻重缓急和难易程度，把整改思路和措施进一步具体化、目标化、责任化，明确整改落实目标和时限要求、明确整改落实措施的具体责任，采取适当方式向党员、职工公布，做出公开承诺，接受监督。围绕制定、落实整改落实方案，组织广大党员开展建言献策活动，使整改落实方案可操作、能落实、好检查。
各基层医疗卫生单位要根据本单位具体情况，集中解决一些困扰基层医疗卫生事业发展、通过努力在学习实践活动期间能够解决的突出问题。要坚持实事求是，尽力而为，量力而行，选准突破口和切入点，什么问题突出就解决什么问题，集中力量把中央确定的加强基层医疗卫生单位和队伍建设，健全基层医疗卫生服务体系；提高新农合筹资标准，提高基本医疗保障水平；推动建立国家基本药物制度；促进基本公共卫生服务逐步均等化；充分发挥中医药在农村卫生和城市社区卫生服务中的作用等各项惠民利民便民的政策措施落实好，切实转变服务理念、工作内容和服务方式，让人民群众切实感受到开展学习实践活动和深化医改的实际效果。