卫生部门：(1)负责监督宾馆、饭店、集体饮食单位和其他畜产品使用、加工单位在畜产品采购、储备及加工过程中的卫生管理工作；(2)负责做好人畜共患病人群感染和畜产品中毒病人的动态监测与救治工作及案件的调查处理，采取有效措施，严防人畜共患病在人群中流行及畜产品中毒事件的发生；(3)协助兽医行政管理部门查处经营未经检疫或检疫不合格动物产品的违法经营活动、搞好疫点、疫区、环境消毒工作；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
食品药品监督管理部门：(1)组织有关部门制定畜产品安全管理的综合监督政策、工作计划并监督实施；(2)做好人用药品生产、经营、使用等单位的监督管理工作；(3)负责查处畜牧生产上禁用的人用药品及其非法销售给饲料、饲料添加剂生产单位及动物饲养场户的违法活动；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
质量技术监督部门：(1)组织制定有关畜产品卫生质量标准及与畜产品卫生相关产品的卫生质量标准；(2)负责畜产品质量的监督、检测和检验；(3)协助农业、食品药监、卫生等部门查处有害有毒畜产品及相关产品的生产加工和经营活动；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
公安部门：(1)负责依法、及时、妥善地处置与疫情有关的突发事件，查处打击违法犯罪活动，维护社会稳定；(2)负责查_处妨碍农业、工商、卫生、食品药品监督管理、商品流通、技术监督等主管部门行政执法的案件；(3)协助公(铁)路动物防疫监督检查站搞好监督检查工作；(4)协助做好疫区封锁和动物强制扑杀工作，做好疫区安全保卫和治安管理工作；(5)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
交通、铁路、民航部门：(1)协助兽医行政主管部门在封锁区设立动物检疫消毒站；(2)监督各运输单位和个人按照《动物防疫法》的有关规定承运动物及其产品，严格做好运载工具的消毒：(3)协助做好公路、铁路动物防疫监督检查站的设置和管理，以及检疫检查工作；优先安排紧急防疫物资和有关样本的调运，确保安全、快速；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
财政部门：(1)财政部门负责制定对疫病防治的补助政策，并及时拨付疫病防治所需的疫苗、扑杀、检测、消毒、处理等经费；(2)加强防疫经费的管理和监督，确保国家各项补助政策落到实处；(3)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
发改部门：(1)负责做好动物防疫和畜产品安全管理基础设施建设的规划、建设项目的审批和监督工作，加强动物防疫、畜产品安全基础设施建设；(2)制定疫病防治有关物资保障方案及相关政策措施，并指导和监督实施；(3)督促协调各地做好防疫物资的生产、采购、供应等工作，遇到紧急情况，调剂余缺，组织调运；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
监察部门：依法行政、严格执法、履行职责，落实动物防疫和畜产品安全工作行政责任追究制度，查处有关单位的失职、渎职行为。及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
林业部门：组织开展陆生野生动物的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关陆生野生动物的分布、活动范围和迁徙动态趋势等预警信息；协助兽医行政管理部门组织开展对陆生野生动物疫病的监测工作；发生陆生野生动物疫情，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
城建部门：(1)负责犬猫等宠物的限制饲养管理及饲养许可证发放；(2)对遗弃、走失和被没收的犬只，及应扑杀的病犬猫等，实行统一处理；(3)协助兽医行政管理部门做好有关动物免疫、执法管理与扑杀工作；(4)及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
武警部门：组织指挥部队参与突发重大动物疫情应急处理行动，配合公安部门参与做好疫区封锁、疫点内动物的扑杀工作。及时向指挥部办公室上报有关工作情况。及时向指挥部办公室上报有关工作情况。完成指挥部及办公室交办的其他工作。
(3)Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ级突发重大动物疫情由县级人民政府兽医行政管理部门对疫情控制情况进行评估，提出终止应急措施的建议，报县人民政府或市级突发重大动物疫情应急指挥部批准宣布。
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