我国大学创新体系中的主要矛盾是学科封闭性和组织封闭性，难以产生出一种高效率、大规模的知识生产模式。单一的院系科研组织形式和评价激励体系，制约了大学的知识整合能力，既不适应集成攻关的要求，也不适应前瞻性自由探索的需要，更不适应拔尖创新人才培养。所以，面向国际前沿和国家战略，坚持问题导向，建设一批新兴学术组织，是中国大学适应知识生产模式变革的体制性创新。上海交大近年来积极探索构建以创新人才培养为根本，高水平科学研究与核心技术突破为重点、“一体两翼”的研究型大学创新体系，初步构建形成了多样化的新兴学术组织模式：一是问题导向的前沿性、基础性、跨学科研究院，如船舶与海洋国家实验室（筹）、系统生物医学院研究院、med-研究院、bio-研究院、基础医学研究院、自然科学研究院和人文艺术研究院等；二是以重大战略需求为导向的创新平台，如新兴产业技术研究院、能源研究院、核电研究院、汽车电子工程实验室、智能电网研发中心、新农村发展研究院、转化医学研究中心等；三是以拔尖创新人才培养为导向的特区学院，如上海高级金融学院、密西根学院、致远学院、创业学院等。
我校将教师分类管理改革与创新学术组织设置形式相结合，力求实现面向世界科技前沿和国家战略需求的最佳结合。同时，我们还从体制、机制和政策上充分保障创新支持、创新氛围，充分尊重教师以兴趣导向的自由探索研究。科学有效整合现有学科和科研力量，在一些学院探索构建“学院-研究院”有机结合的新模式，意在促进不同学术组织之间的合作创新，实现拔尖创新人才培养、问题导向跨学科有组织的大科研与兴趣导向自由探索研究的相互支撑，最大限度地激发学院（系）、研究院的创新潜能。
置身今天这个伟大的时代，作为国家寄予厚望、重点建设的大学，只要我们始终坚持面向世界科技前沿、面向国家战略需求，不安于现状、不好高骛远、坚持愿景方向，勇于改革创新，一定能够探索出一条中国特色、世界水平的科学发展道路，跻身世界一流大学之林！