硬盘的系统区不仅是存放操作系统的地方，也是Windows系统默认存储许多用户文件和系统临时文件的位置。这些富于变化的用户文件和临时文件不仅加大了对系统区的空间占用，而且是产生磁盘碎片的主要来源。当系统区的文件变得多而杂乱时，会使系统效率降低，并使得系统出故障的机会也增多。其次，由于需要经常对系统区进行磁盘碎片整理,增加了对磁盘系统区的读写操作，又势必影响磁盘系统区的寿命。第三，系统区的故障又会导致重装系统甚至格式化系统区；这样，也不利于存放在系统区的用户文件的安全。因此，有必要使系统区清洁化，以确保系统区稳定长久地工作；同时使用户文件和系统区脱离，以防系统故障意外格式化造成数据损失。
为达到清洁系统区和保护用户数据安全的目的，首先从磁盘分区来考虑，最好分三个区以上，比如三个区：C:区存储操作系统，D:区存储应用软件，E:区存储用户文件和一些系统临时文件。然后，就是预先做一些如下的自定义文件管理设置。
1.系统类临时文件的自定义设置
（1）安排系统临时文件存放区
将系统临时文件目录指定为“E:\Temp”。先在E:区创建这样的目录，再编写下列内容的批处理文件Autoexec.bat开始处加入：
SET TEMP=E:\TEMP
SET TMP=E:\TEMP
结尾处加入：
Deltree /y E:\TEMP
MD E:\TEMP
（2）设置虚拟内存区并调整其大小
Windows系统的虚拟内存临时交换文件Win386.swp是很易产生磁盘碎片的文件，将它安排在E:区并定制其大小。操作方法如下：右键点击“我的电脑”，依次选择“属性”/“性能”/“虚拟内存”按钮，在出现的“虚拟内存”对话框中单选“用户自己指定虚拟内存设置”，在“硬盘（D）”的下拉表中选E:以指定其存储位置。再定制虚拟内存的大小使之够用，就目前大多数软件和硬盘容量来说，使虚拟内存加上你机器中的内存等于512MB算比较理想。比如你的机器内存为128MB，则可在这对话框的“最小值”和“最大值”两个框中填入同样的数384MB。
（3）调整“回收站”的大小
Windows对硬盘“回收站”大小的默认设置是Windows可管理的硬盘空间的10%，当系统区删除文件的机会变得很小时，完全没有必要留那么大的空间作为“回收站”。此外，由于当今用户使用的硬盘均很大，其它区的“回收站”大小也需要改变；否则，“回收站”就占了几个GB的可观容量，实在是一种浪费。我们可以这样自定义“回收站”所占空间大小：右击桌面上的“回收站”图标，从弹出的快捷菜单中执行“属性”命令，打开“回收站属性”对话框进行设置，就可调整所有分区“回收站”的大小。 值得指出的是，调“回收站”大小的方法还有一个很有用的用途，即我们可利用它来彻底删除某些不能被删除的顽固垃圾文件。比如有时你将垃圾文件扔进了 “回收站”，但却无法彻底删除它们，删除时电脑会提示“系统被破坏”或“文件未注册”之类的话。这时，我们只要将待删文件先扔进“回收站”，再用上述调整“回收站”大小的方法，把“回收站”大小调到0值，使硬盘不给“回收站”留空间，“垃圾”文件就自动被挤出机器；之后再把“回收站”的大小调回到原值即可。
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文
档类文件存储区的自定义设置
（1）转移“我的文档”存储区
Windows系统中“我的文档”文件夹默认对应于“C:\My Documents”。通常Windows的Office文档默认是存放在“我的文档”文件夹，为了使“我的文档”文件夹移到E：区，先创建“E：\MyDoc”文件夹；再将“C:\My
Documents”文件夹的全部文件移动到“E：\MyDoc”