党的十六届三中全会进一步明确提出了“坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展，”强调按照“统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放”的需求推进改革和发展。这样完整地提出科学发展观，是我们党对社会主义现代化建设指导思想的新发展。党的“十七大”明确
指出，在新的发展阶段继续全面建设小康社会、发展中国特色社会主义，必须坚持邓小平理论和“三个代表”重要思想，深入落实科学发展观。在新形势下，如何深入贯彻落实科学发展观，对进一步搞好农业综合开发工作，具有十分重要的现实和指导意义。
一、农业综合开发的实践体现着科学性发展观内涵
农业综合开发的宗旨和开发方式表明，它追求的是全面协调可持续发展的理念，完全符合科学发展观的界定范畴。一是开发方式即水、田、林、路的综合治理；二是资金来源即由财政资金引导广泛吸引民间资本和农民自筹资金；三是节水工程、生物工程、科技示范等治理措施相结合；四是经济效益、社会效益、生态效益有机统一。农业综合开发作为政府支持保护农业的重要措施，多年来，始终坚持“两个着力，两个提高”即：“着力加强农业基础设施建设和生态环境建设，提高农业综合生产能力；着力推进农业和农村经济结构的战略性调整，提高农业综合效益，增加农民收入”。一是农业生产基础条件得到了改善，以中低产田改造为重点，初步形成了项目区“田成方、树成行、路相通、井渠管道连成网”的格局。二是调整产业结构、推动产业化经营，提高了龙头企业对农民的带动能力。三是推广先进适用技术，提高了农业科技含量。四是改善生态生境，促进了农业的可持续发展。五是增加了农民收入，密切了党群关系。农业综合开发的实践表明，采取工程、生物、科技等综合措施开发治理，农业生产生态环境条件同步改善，是当前农业农村实现可持续发展，取得经济、社会、生态三大效益协同增长的成功之路。
二、把握关键、突出重点，在农业开发工作中全面落实科学发展观
农业综合开发作为国家财政支农的重要举措，在加强农业基础建设，提高农业综合生产能力，促进农民增收等方面发挥着重要作用。在新形势下要进一步搞好农业综合开发工作，必须坚持以科学发展观为统领，着力抓好事实全局的关键问题。
（一）把又好又快发展作为首要目标。胡锦涛总书记在党的“十七大”报告中指出：“要促进国民经济又好又快发展”，对科学发展观作出了科学诠释。农业综合开发自实施以来，始终把发展生产、农民增收作为基本任务，是科学发展观在“三农”工作中的具体体现，在全面建设小康社会的新形势下，农业综合开发关键的就是要进一步增加投入，加快发展步伐。
（二）贯彻全面协调可持续的发展要求。农业本身是一个大的生态系统，具有生产要素的多样性，生产过程的复杂性，以及生产成果获得的不可预测性等。农业综合开发作为财政支农的重要组成部分和农业发展投入的重要渠道，这就要求必须牢固树立全面协调可持续的要求，才能取得最佳效益。一是在开发方针上，必须坚持“两个着力、两个提高”即：“着力加强农业基础设施建设和生态环境建设，提高农业综合生产能力；着力推进农业和农村经济结构的战略性调整，提高农业综合效益，增加农民收入”；二是在开发目标上，坚持以加强农业基础建设为重点，提高农业综合生产能力；三是在开发投入上，坚持“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发”方针，体现农业综合开发投入的综合性，最大限度的调动各生产要素投入的积极性；四是在开发措施上综合运用工程、生物、科技等措施，进行水田林路综合治理，特别是发展节水型农业；五是在开发重点上，坚持“围绕产业扶龙头、围绕龙头建基地”的产业化经营思路，将土地治理与龙头企业的发展需要相结合，通过加强农业基础设施建设，建设优势产品的生产基地，通过扶持、引导龙头企业和农民专业合作组织，带动农民开展农田基础设施建设；六是在开发效益上，坚持经济、生态、社会效益同步发展，既注重经济效益，又注重社会效益，同时还必须兼顾项目区的生态效益。
（三）坚持统筹兼顾的基本方法。要从长远着想，不急功近利，资源开发与保护并重，坚持经济发展、生活改善、生态良好的开发之路。一是要以稳定可靠的投入体系为保障。进一步完善“国家引导、配套投入、民办公助、滚动开发” 的投入方式，不断增加投入力度，形成农业综合开发长效的投入机制。二是要以完善配套的技术体系为支撑。突出强调农业技术的投入，提高农业项目的科技水平和广大农民群众的科学文化素质，为农业生产提供强有力的技术支撑。三是要以建立协调平衡的农业生态体系为目标。坚持山水田林路综合治理，建立协调一致的农田新格局。