对所得税纳税申报，要比对主表与附表相关数据之间的逻辑关系，以及同行业或者类似行业的利润水平。对增值税企业，还要注意及时
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对其增值税申报销售金额与所得税申报的全部销售收入；对营业税企业，要及时掌握其营业税申报计税金额与所得税申报收入比对。对相关指标异常或者相关数据间有逻辑疑问的纳税人填写《纳税人所得税申报疑问核查表》（附表3）作进一步核实处理。
各项申报疑问，在听取纳税户的解释和进行必要的核查后，得出核查结论。纳税人理由充足，核查相符的，得出无问题结论；纳税人存在问题，但问题是由于纳税人非主观故意的失误造成的，税收管理员协助纳税人改正；纳税人涉嫌故意偷逃税款的，按照征管法及其实施细则的有关条款和其他相关规定处理。
第十四条 加强普通发票使用的管理，做好发票使用户的日常辅导和管理工作。对初次领购发票的纳税人，10个工作日内到实地了解纳税人发票的保管、开具情况，辅导其正确开具发票，告知发票相关的法律法规和有关具体要求。在使用过程中，还应不定期进行辅导和核查。对一次领购使用时间超过3个月的，要进一步了解纳税人的相关生产经营情况和发票的保管使用情况，消除发票使用隐患。
要按照上级的要求做好防伪税控普通发票、有奖发票以及税控收款机的推广应用工作。
第十五条 要根据税收法律法规、税源宏观数据、税负变化信息和纳税人户籍资料，结合企业生产经营状况及行业指标的横向分析和历史指标的纵向分析，利用信息化数据集中和“一户式”信息管理的优势，对纳税人纳税申报的真实性和准确性进行判断。对主要指标异常的，要及时移交评估检查部门进行全面系统的纳税评估。
第十六条 在税源管理中发现纳税人有需要进行核实的问题，以普通下户调查方式难以取得准确、有效的数据资料，需要向纳税人调取查阅帐簿、实地盘货对帐的，要及时移交评估检查部门进行日常检查。
第三节 工作规范
第十七条 年初各科室要分别制订税收管理员下户的工作计划，税收管理员下户调查辅导或者核查有关事项等各项税源管理事务时要按照计划执行，下户前要填写《税源管理下户报告表》（附表4）向科室负责人报告。各科室要按季报告计划执行情况，并根据实际情况调整和完善年度计划。
第十八条 税收管理员下户时必须着装，核查要有详细记录，根据税源管理的基本要求填写《税源管理下户调查工作底稿》（附表5）。对需要核对项目已有相关表格的，如增值税一般纳税人认定、转正、年审，纳税人申报疑问的核查等，可以以审批表或者审核表代替工作底稿。所获税源信息要记录归档，实行共享,条件成熟时有关信息要全部录入计算机，实现“一户式”存储管理。
第十九条 税收管理员下户执行各项税源管理事务时，发现纳税人存在可能涉及达到立案标准的“偷逃抗骗”税、现行税收政策和涉税指标、标准有疑问或漏洞等重大情况和重大问题时必须及时报告，填写《重大情况和重大问题报告单》（附表6），根据性质和处理权限由科室或分局集体研究决定处理方案，对不能解决的税收管理疑难问题逐级上报。对已确定的重大情况或重大问题，税收管理员要定期向科室负责人报告税收管理工作进展情况及相关动向。
第二十条 税收管理员在日常税收管理中发生依法需要回避的情形，应及时向单位报告申请回避。
第四章 税收管理员的监督与管理
第二十一条 税收管理员必须严格遵守廉政建设的各项规章制度，不准接受纳税户的宴请和擅自参加纳税户邀请的各种庆典以及外出考察、参观等活动；不准接受纳税户的礼金、礼品和有价证券；不准到纳税户报销应由个人支付的各种费用；不准利用职权向纳税户压价购买商品或者赊欠货款；不准利用职权向纳税户借钱借物或者无偿占用其财物；不准在纳税户中入股分红等。
实行税收管理员廉政反馈制度，分局每年年底组织全部或者部分纳税人对其税收管理员执行廉政制度以及提供纳税服务质量等情况进行调查反馈。由纳税人填写《税收管理员＿＿年度廉政及服务情况反馈表》（附表7），对纳税评估下户核查及涉及向纳税人调取帐簿、实地盘货对帐的日常检查，应由纳税人按次填写反馈。反馈的方式应主要以邮寄或者网络等形式回复。
第二十二条 科室每月组织税收管理员业务学习不少于2次，学习要有详细记录，作为科室考核的依据之一。分局每年对税收管理员组织1～2次综合业务培训，并定于每年的11～12月份组织岗位业务考试。以切实提高税收管理员的税收业务水平、财务会计水平、计算机应用水平和数据分析能力，使之成为税源管理方面的专门人才。
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