３、农村集体土地产权的权能有限，权利不平等。表现在：集体土地被征用征收时，农民不能直接参与商谈，缺了处分权；征地补偿费标准被法律上限，而土地所有权变成国有后，其使用权进入市场则价格无上限；集体所有和国有只是主体有别，
而土地是没有任何差别的，但法律在保护上却有明显的倾向性，不符合“权利主体平等”之法理。另外，产权流转制度不健全，也是农村集体土地产权的一种缺陷。尽管我国制定了加强农民集体土地流转管理一些政策规定，但总体说来，禁止的比放开的多，限制的比鼓励的多。
（二）深化农村集体土地产权改革的设想。
土地作为一种不动产资源，无论归谁所有或使用，权利人都无法将其转移，因此，农村集体土地的改革应主要体现在土地资源的珍惜与合理利用上。应从国情出发，遵循既不能违背我国土地的生存保障、收益和就业三大功能，又符合农村经济健康向前发展、提高农村生活质量水平和安民心稳天下的原则，来进行农村集体土地产权改革。
1、用法律规定明确农村集体土地的所有权的权利主体，写明“农民集体所有的土地所有权，由农村集体经济组织代表农民集体行使”。同时，修改有关法律的相关条文，形成法律规定的“一致性”和法律标准的“唯一性”。如将“由集体经济组织或者村民委员会经营、管理（发包）”、“集体经济组织或者村民小组经营、管理（发包）”中的有关“村民委员会”和“村民小组”内容删掉；将“（集体经济组织成员的）村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上的村民代表同意”修改为“集体经济组织的有表决权的成员会议三分之二以上成员或者三分之二以上的成员代表会议同意”。
２、参照国有土地产权体系及其管理制度，根据“两权”分离的原则，将集体土地所有权和使用权分离出来。集体土地使用权的权利义务应等同于国有土地使用权。集体土地所有权为集体所有，集体土地使用权可以为私人所有。集体土地使用权规定使用年限。农用土地使用权，无偿划拨为农民家庭所有后可以进入市场有偿流转，可以抵押，强化占有、收益和处分权利。集体土地使用权进入市场流转变更土地使用权人，实行低收集体土地出让费原则。集体土地出让费收益人为该宗土地所有权人。集体土地实行登记、发证管理制度和凭证占有、使用制度以及地籍管理制度。根据现行法律，集体土地使用权又分为集体土地建设用地使用权和农用土地使用权两大类；农用土地使用权又分为直接用于农业生产的土地使用权和“四荒”即荒山、荒沟、荒丘、荒滩土地使用权。现行的土地承包经营权，应该属于农用土地使用权当中的一个细分种类，而它又交*于直接用于农业生产的土地使用权和“四荒”土地使用权之间。从具有登记发证管理意义的必要性看，应该是集体土地建设用地使用权和农用土地使用权两大类，前者的使用年限应参照国有土地使用权年限相对短一些；后者应参照土地承包期年限或相对短一些。实行集体土地产权改革时，初轮农用土地使用权的划拨，应考虑政策法律的稳定性和连续性，尽量使农用土地使用权人和使用年限与现行的初始土地承包经营权人和承包年限的一致；农用土地使用权年限与现行土地承包期同时终满。从长远来看，往后农用土地使用权的作用将比土地承包经营权更有实际意义。第二轮（现行）土地承包期满，其作用将自然淡化。
集体土地登记发证管理机关是县级政府的土地管理部门。
３、将征地补偿费的限制政策改为保护农民利益政策。在征地补偿的标准上，将上限改为下限。无论是公益性用地或者是经营性用地，补偿费标准不能有差别，因为，少数被征地农民没有牺牲自己的利益为公众搞公益建设的义务。在征地补偿商谈上，征地方和被征地方的法律地位平等。
这一农村集体土地产权改革，理顺土地产权关系，弱化所有权，强化土地使用权，农用土地使用权可以进入市场有偿流转，使集体土地使用权体现其应有的价值。这是农村改革从“集体所有，集体经营，按劳分配”－“集体所有，家庭联产承包经营责任制”－“集体所有，家庭承包经营”向“集体所有，家庭经营”的方向发展的必然趋势。这一改革，既能稳定土地的农民集体所有权，又能保障农民个人使用土地的权利；既能使土地合理流转，使土地积极集中，符合现代农业的规模经营需要，同时为要进入城市的农民提供有一定年限的农用土地使用权价值可转让而取得所需资金，又可以使减了人口数量的留守农民在每一轮农用土地使用权周期满后无偿得到增加土地数量，从而使未来农民在发展经济上能有应有的土地保障。
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