1、制度设计单一性、偶然性大，整体性、系统性不强。当前，靠制度管人、靠制度管事已经逐步成为各级的共识，每年仅我市各级出台的廉政制度就有数百个，但由于缺乏系统的、科学的、长远的制度建设规划，这些制度有些是针对本部门的具体规定，普遍适用性不强，有些是直接套用上级的制度规定，为了制定制度而制定，制度的针对性和实际操作性不强，还有的制度变化频繁，甚至每年出台新的规定，形成基层制度多而杂，很多制度交叉重叠，甚至相互矛盾，影响了制度作用的有效发挥。
2、制度的稳定性、强制力不够，制度执行往往流于形式。制度应该具有长期性、稳定性，但目前基层普遍缺乏比较专业的法规研究人员，制订的制度长期性、稳定性不强，质量不高，经常需要修改甚至重新制定。很多制度规定中，倡导性的实体性规定很多，虽然明确了权利和义务，但对违反规定的惩处措施却是语焉不详。制度执行缺少必要的刚性条款，有规定无惩处，导致制度成为一纸空文，制度执行流于形式。如有关领导干部廉洁自律的许多规定大多如此，导致了制度执行不力的现实。
3、制度设置越位、错位、失位并存，制度效能难以发挥。一是有些部门从维护部门自身利益出发，超过上位法的授权规定权利与义务，甚至与上位法某些条款相违背。二是超越自身职权范围制定或执行制度，制度出台后职能部门不认可不执行；三是面对经济社会的高速发展，一些重要部位、环节制度规范不能及时跟上，成为制度“盲区”。
针对当前反腐倡廉制度建设中存在问题，我们认为应采取以下对策措施：
1、统筹规划，配套协调，科学合理构建反腐倡廉制度体系。要使各级充分认识到反腐倡廉制度建设是一项循序渐进的系统工程，要统筹规划。既要有近期计划，更要有远期规划，要着眼全局、整体安排、分步实施、分步构建，尤其要围绕完善社会主义市场经济体制、建立健全惩治和预防腐败体系等进行制度设计，形成“制度链”，全面规范人们的行为。要重视质量。把制度建设真正作为一项重要而严肃的工作来抓，明确专门的部门或专职的人员，加强对专职人员的专业培训，使制度建设在较高的起点上进行。要强化协调。加强上下、横向间沟通协调，克服部门之间自成系统、各行其事的做法，避免可能导致的制度缺位、错位和越位以及各制度之间不协调、不科学、不配套情况，做到各项制度协调统一，相互配合，互为补充，形成一个运转协调的工作体系，发挥体系运转的整体功能。对几个部门联合制订的制度，明确牵头部门，加强相互沟通协调，努力做到工作上互相配合、制度上互相衔接、措施上互相配套，形成分工明确、协调配合的工作格局。
2、突出重点，抓住关键，提高制度建设的实效性和针对性。制度的关键是可行、管用，具有实际效果。当前制度建设要突出三个重点：一要针对当前经济体制转轨、结构调整的社会变革关键时期，面对党风廉政建设和反腐败工作不断涌现的新情况、新问题，紧紧围绕落实科学发展观，推进政治民主化，构建和谐社会等重大课题，以“防患于未然”为目标，按照权力制约的特点和决策、执行、监督相协调的要求，不断探索新思路、新办法，及时制定和完善有关制度。二要继续以解决群众身边的腐败问题为重点，对社会反映强烈的城乡基层上学难、看病贵、拖欠农民工工资以及企业排污、征收征用土地、城镇房屋拆迁、国有企业改制中损害群众利益的突出问题，进一步加强权力分解、责任落实、相互制衡的制度建设；对热点岗位人员建立完善交流轮岗制度；对基层执法单位和人员加强规范执法行为和程序，减少自由裁量权的制度建设，提高制度的针对性和实效性。针对党政机关工作职责、工作秩序、工作考核等方面存在的问题，完善规章，减少和杜绝工作的随意性，坚决制止不廉洁行为。三要围绕以乡镇机构、农村义务教育和县乡政治体制改革为主要内容的农村综合改革，适应建设社会主义新农村的需要，健全乡镇干部管理机制，完善基层站所管理制度，强化村级组织民主监督。进一步规范乡村财务管理，加强对农村集体资金、资产、资源的管理。
3、有法必依，有章必循，切实加大制度执行和制度落实力度。制度的生命在于实行。再好的法规制度，如果不去执行，也会形同虚设，甚至导致人们对制度的漠视。当前，要保证制度贯彻执行，首先必须提高制度的强制约束力。制度与道德的区别在于强制约束力，制度没有约束力就等同于道德，执行与否取决于人们的自觉。因此在制度设计上，除了倡导性的要求，要切实增加必要的刚性条款，明确违反制度的具体责任条款，而不是笼统的严肃处理等等。其次，要注重程序建设。程序化是制度化的延伸、补充和具体化，是落实制度的重要保证。要加快改变制度建设中重实体、轻程序，重形式、轻操作的倾向，真正做到有法可依、有章可循和有法能依、有章能循。使好的制度通过科学、规范的程序真正得到落实。再次，要逐步完善惩处机制。及时发现和纠正违反制度的行为，严肃查处破坏制度的行为，做到令行禁止、违者必究，坚决维护制度的严肃性。
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