村级组织实行自治以后，乡镇政府的工作方式也相应发生了变化。《村民委员会组织法》规定：乡、民族乡、镇的人民政府对村民委员会的工作给予指导、支持和帮助，但不得干预依法属于村民自治范围内的事项。村民委员会协助乡、民族乡、镇的人民政府开展工作。这就意味着乡镇作为我国政权体系的最基层政府，不能再用行政命令的手段向村委会下达工作任务。然而中国农村的现实是：在压力型行政体制下，乡镇政府对于来自上级政府和部门的行政命令和任务没有任何商量和讨价还价的余地。为了完成这些刚性的任务，乡镇政府不得不把某些行政任务下压至村里，于是造成了自治权与行政权之间的冲突。在自治权与行政权博弈过程中，要么是乡镇政府行政权侵蚀自治权，村委会被“行政化”，要么是村委会过度自治化，试图脱离政府的约束。在实际运作过程中常常出现的状况是乡镇政府把村级组织视为自己执行任务的“腿”，但村民自治权在压力下往往产生与之对抗的张力，从而阻碍了压力型行政体制的正常运转。
这样问题就又来了：原本只是村级管理体制的村民自治，却自然而然地对乡镇政府的行为方式提出了要求；而要改变乡镇政府的行为方式就必须改变中国现在的自上而下的压力型行政体制。具体说，村民自治对压力型行政体制的冲击主要表现在对我国各级政府职责划分模式的影响。
总体看来，当前我国各级政府间呈现高度僵化、向上集中的特征。这种上下级关系只关注权限程度大小的区分，而不重视事权范围的分工。除有些权力如外交权、军事权等为中央政府所独享外，其它各级政府的事权差不多没有分工，不同的是对同一事权的处理权限随政府级别的高低而有所区别，这可以从国务院到县市级政府部门设置的高度对口性和一致性清楚地看出来。乡镇政府尽管机构设置简单，不要求与上级政府对口，但来自上级政府的行政任务却一点也不少，因此才有“上面千条线，下面一根针”的说法[6]。乡镇政府权力小，责任大，为了完成上级任务，不得不把一些行政性任务安排给村委会完成。这样一来，村委会不仅要承担《村民自治组织法》中明确规定的“村务”和“政务”，如管理公共事务，促进经济发展，贯彻国家法律、政策等，还要完成乡镇政府进行行政管理时下达的要求村委会必须完成的“政务”，如计划生育、征兵、收购农作物等。村委会是自治组织，村干部却承担着来自乡镇政府的行政任务，并且执行这些任务基本上没有乡镇财政支持和补贴。因此，在协助乡镇政府完成这些行政任务、尤其是需要村民出钱出力时，必须要征得村民的同意，这就使得这些行政任务很难完成。
与此形成对比的是西方国家的政府职责划分模式，不同级别的政府职责有所侧重，行政任务不能层层下压，事权有一定的分工。中央或联邦制政府一般负责法制、财税、国防、外交、对经济的宏观调控、社会保障、大学、国有资源保护、部分交通与通讯、情报与国家安全等；中间层次的政府主要负责公安、大部分文化事业、卫生保健、中小学教育、环境保护、就业、部分交通、市政管理、住房建设、地域经济规划与开发等；基层政府的主要职责是小区服务、环境卫生、幼儿教育与养老事业、狭义的市场建设与管理、娱乐与休闲等[7]89-91。这种做法对于中国的政府机构改革具有直接的借鉴意义。
总之，压力型行政体制本质上是我国各级政府职责划分不合理的产物，而由于实施村民自治产生的乡镇政府与村委会关系的紧张，使这种不合理进一步突显，引发了对改革现行政府间职责划分模式、改善政府间纵向关系的要求。
三、“两票制”对党内民主的影响
如果说村民自治对中国选举制度和人民代表大会制度、自上而下的压力型行政体制的影响具有重大意义的话，那么在实施村民自治后为提高村级党组织的权威而在某些地区实施的“两票制”，对于中国政治体制的影响则更加重大。
所谓“两票制”，是20世纪80年代末90年代初由山西省河曲县的农民发明的，后来推广到很多农村，主要特点是村级党组织负责人的产生需要经过半数以上村民的同意。两票制的核心是要求党员选举产生的党支部成员必须经过村民的信任投票，如果党员选举产生的党支部成员不能获得村民的信任，就需要重新选举党支部成员，这种做法将原本掌握在上级党组织手中的党支部成员候选人提名权交给了农民。尽管这种做法与党章规定有些出入，但村民的要求似乎更有道理。村民认为村级党组织作为全村的领导核心，并不仅仅领导村里的党员，还要领导全体村民，决定本村经济建设和社会发展中的重要问题，所以党支部成员的产生当然要经过村民的同意。我们不能不承认，这个要求是有道理的。