二、现行法的规定和实践中的困惑
（一）现行法的规定及其不足
1、《行政处罚法》
作为规范行政处罚行为的基本法律，《行政处罚法》对行政处罚的事实认定进行了要
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最高的要求，不是最低的限度。其实，什么情况下算作“查明案件事实”，才是应当作出明确规定的。可见《行政处罚法》并未对证明标准这个事实认定的关键问题作出明确。
2、《行政诉讼法》
虽然我国行政程序立法滞后，《行政诉讼法》中却包含了许多对行政行为的规范，甚至对证明标准问题，行政诉讼法也作了一定的明确。《行政诉讼法》第54条第（二）项规定：主要证据不足的，人民法院可以判决撤销或部分撤销具体行政行为。根据该规定，法院如认为被诉行政处罚的事实认定属于主要证据不足，就会否定行政机关的事实认定，撤销处罚决定。将该规定作反对解释，如果行政处罚不属于主要证据不足，就不会被法院撤销。法律从否定的角度明确了一个原则：如果主要证据不足，案件事实就不能进行认定。这其实就是法律对行政处罚证明标准的规定。它告诉行政机关，当收集的证据达到一个最低的程度，即“不属于主要证据不足”时，待证事实就被法律视为真实，行政机关就可以认定事实了。《行政复议法》也作了类似的规定。（见《行政复议法》第28条第三项）
上述规定虽然从性质上属于证明标准的规定，但也存在不足。主要有三个方面的问题：
一是“不属于主要证据不足”的标准过于笼统，其含义是主要证据不足以外的情况。主要证据不足以外的情况是什么?是主要证据充足一种吗?
二是“主要证据”的含义不明确，主要证据是证明案件主要事实的证据还是对一定待证事实起主要证明作用的证据?主要证据与次要证据如何区别?
三是该标准与《行政诉讼法》规定的维持行政决定的标准并不一致，根据该法规定，维持具体行政行为的事实认定方面的标准是“证据确凿”。“证据确凿”和“不属于主要证据不足”在语义上显有区别。
（二）实践中的困惑：以什么为标准，标准在哪里
由于现行法规定的不足，行政机关在行政处罚适用过程中经常感到困惑。《行政处罚法》要求要查明案件事实，要做到这一点，行政机关只能依靠收集到的证据，这些证据中还包括当事人的反证。对于一个待证事实，经常出现的情况是既有支持待证事实成立的证据，也有否认待证事实成立的证据。这时，行政机关需要进行证据的判断，以排除关于待证事实不成立的可能性。但仅仅依靠证据的判断是不能解决问题的。因为在绝大多数情况下，通过证据判断并不能排除关于待证事实不成立的所有的可能性，如果只要有一种可能性未被排除就不能认定事实的话，恐怕没有几个处罚决定可以作成。行政处罚制度也就失去维持秩序的作用了。所以这里面存在行政机关如何进行证据判断的问题，但核心问题仍然是证明标准问题。举一个例子说明：
甲药店涉嫌销售假药，主管机关进行调查、听证后，关于本案的证据材料有：
a、甲药店购进药品的记录中有该药品，购进渠道是合法的
b、一张盖有甲药店印章的销售发票，发票中记载着该药品
c、执法人员到甲药店进行现场检查，发现该药店货柜上有该药品，执法人员做了现场检查笔录，并对该药品进行了先行登记保存。
d、药品检验所对先行登记保存的该药品作出的检验报告，报告显示为成分不符合药典规定
e、甲药店陈述说由于该药店与临近的乙药店之间签有员工培训合同，乙药店员工曾经来该药店工作过，乙药店员工故意将真药换成假药，想损害甲药店声誉。
f、执法人员在乙药店检查时发现乙药店也有该药品，送药品检验所检验，检验报告同样显示成分不符合药典规定
g、乙药店证实确与甲药店签有员工培训合同，乙药店有数名员工曾到甲药店工作。但乙药店及其员工均否认曾经调换过甲药店的药品
本案执法人员对乙药店涉嫌销售假药的行为另行立案，但对甲药店是否构成销售假药行为产生疑问。对本案而言，支持甲药店销售假药这个待证事实成立的证据有a、b、c、d，否定这个待证事实成立的证据有e，证据g与e相互矛盾，无法判断真伪。这种情况下，是否属于“查明案件事实”?或者是否已经达到了“不属于主要证据”的最低限度?