7、企业存货的会计核算不够规范。尤其表现在对库存商品的核算上，有些集团企业其库存商品的收、发、存与其销售存在着非常密切的关联性关系时，如通过核实库存商品在各环节的流转数量能够测算、核算出其应税销售数量时，企业往往在账上有意不核算数量，仅按批次、金额进行粗放性、规避性的核算，从而给税务人员日常巡查、评估、检查等工作增加难度，设置障碍，请其绕道而行，使其无功而返。
三、对加强集团性企业税收征管的建议
1、加强责任区管理员日常巡查工作的深度。巡查工作开始前，要充分收集政府、工商、地税、外贸、海关等有关部门的外部信息资料，加强信息的交换、更新、反馈，同时充分利用内部一户式管理系统和决策监控软件系统等征管信息平台，调阅集团企业的各类、各项静态数据资料，分析、排查异常数据信息资料，列出主要疑点和巡查的主要环节、主要方面，有目的地进入集团企业，运用趋势分析法、历史分析法、同行业比较分析法等进行深层次的巡查、核查工作。
2、加强税收、会计业务的全面、深入的系统学习。集团性企业的税收征管不仅要求责任区管理员须掌握较全面的税收政策，具备较高的会计业务和会计核算知识，而且要求其具有一定的经济管理、市场营销、计算机网络等方面的知识。因此，加强学习，只有水平过硬了，才有充分的发言权利和动手能力，才能走的进、出的来。
3、建议试行集团性企业集中管理制度。建议基层所辖集团性企业较多的分局，可以实行集团性企业选派一至二名税收、会计业务水平较高的管理员专人统一管理的办法，从而提升集团企业税收征管的质效，积累集团企业专业管理的经验，探索集团性企业重点、专业性管理的有效途径。
4、建议国家税务总局在适当的时候取消a级诚信纳税人两年免查（除专项、专案检查和金税协查外）的优惠鼓励政策。税务部门依率计征，纳税人依法纳税，应是征纳双方税收合作信赖主义原则的基础，税务部门不宜发“免检牌”给纳税人作“筹码”。对未来事项形成的不公平税收待遇，一定程度上破坏了正常、和谐的征税关系，一段时期税务稽查监控的职能，对具有免检资格的纳税人而言出现了“真空”。
5、开展经常性、深层次的检查与调研工作。建议由省、市、区（县）统一组织开展行业性集团企业、规模型集团企业、重点税源类集团企业、风险性集团企业等类型的服务性调研、日常性税务稽查工作。从而逐步增强对集团性企业的纳税服务、会计核算的规范与管理等方面的工作。
6、切实加强税企沟通。为集团公司全方位地解读税收政策法规，加强税收与会计在销售实现、费用列支方面差异性的辅导与解读工作，建立集团性企业每年1-2次系统性税法解读制度，进一步提升集团企业的纳税遵从度。
7、有效规范集团企业转让定价与转移税负行为。一是建议省、市局定期发布（半年或一年）或参照上年发布区域内行业产品转让定价的预警区间指标，以及符合条件征收营业税的特殊混合销售行为行业性应税建筑业劳务的预警区间指标。从而提供给基层一线征管人员在征管实践中参照适用；二是依照《征管法》、新《所得税法》以及国家税务总局关于关联企业《特别纳税调整实施办法（试行）》的规定，采取非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利法、利润分割法等方法，对集团企业的关联业务，合理进行关联交易的转让定价调整。
8、严厉打击集团企业间有意虚列、多列或少列成本费用，转移利润、减少应税所得的行为，日常评估工作中，发现一次，打击一次，发现二次，移送稽查，严查重罚。
9、有效规范集团企业会计核算行为。特别是加强与规范纳税人产品成本的核算。对其有意不核算产品数量，规避税务机关监督的行为，要加大执法的力度，采取强硬的措施，责令其限期改正、罚款甚至于取消一般纳税人资格，净化公平竞争的税收环境。
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