1、工作职责不清，认识错位。《条例》和《组织法》分别对村党支部和村委会的职责作出了明确的规定，但两者在实际操作过程中，有许多工作特别是在重大事项决策上是有交叉的。有的村党支部书记认为，既然党支部是村级组织的领导核心，所有事务都应由党支部说 www.xxk123.com (www.xxk123.com)了算，对村民自治不支持，从而在一定程度上挤占了村委会这个村民自治组织的“自我”空间。有的村委会主任片面地理解《组织法》中关于“村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织”的含义，认为村委会是村民自治组织，依法享有自治权，可以不接受党支部的领导而独立开展工作，导致“自我”膨胀，甚至对党支部有一定的抵触情绪。
2、
干部素质不高，争权乱位。我县地处山区，一些传统的观念、陋习仍然对村级班子的运行带来较大的冲击。一是农村宗族、派性势力的干扰。在一些村两委选举中，每个宗派的人都以投“自己人”的票，从而造成派系之争。一些村干部当选后仍然把历史积怨带进工作中，在原村级财务遗留问题和重大项目招投标等操作上，咬住不放、纠缠不清，大做文章。二是少数村受恶势力的干扰。一些村民慑于yin威，投“违心票”，把一些思想政治素质差、作风恶劣的人选进了村级班子，致使村务工作不能正常进行。三是狭隘的监督观念影响。一些村民担心村两委关系协调后，会使村主要干部的权力过分集中，因此在选举时把会提意见、能起到抗衡作用的人选上来，形成书记、主任间相互对立，互相监督，造成新的冲突。
3、监督机制不力，工作越位。一些村虽然建立了一整套的规章制度，但针对性和可操作性差，流于形式。特别是对涉及群众关心的村务公开、财务审批等事项，没有明确的规范操作程序和要求，致使一些村的政务管理混乱，甚至暗箱操作，加上一些村两委干部不称职，罢免程序比较复杂，组织实施难度大，缺乏有效的监督制约措施。如有的村党支部书记人权、财权一把抓，独断专行；有的村委会主任利用审批发票的权利，为所欲为，不讲原则，甚至从中谋利，在一些重大问题的决策上超越党支部的领导。
4、经济基础不强，能力欠位。我县农村经济发展基础相对较差，农业产业化程度较低。一些贫困村地处偏僻，既无资源优势，又无资金，发展壮大村级集体经济缺乏好路子，“发展无路、致富无门”相当普遍。全县35个落后村，村集体经济稳定收入在5000元以下就占了25个。加上一些村干部政治理论水平不高，工作能力不强，带领群众发展经济能力低下，群众不满意，村两委自身的威信和影响力受到影响。对村干部个体而言，由于村级集体经济薄弱，长时间的误工报酬等不但难以兑现，有的甚至还要倒贴，在一定程度上挫伤了工作积极性，出现了有的工作消极、有的辞职不干、有的长期外出经商等现象，直接造成部分村党支部或村委会瘫痪，个别村甚至“两委”全部瘫痪。
三、协调村两委的机制建设
如何协调村两委关系，提高整体战斗力，具体的办法很多，但要达到长效管理的目的，根本途径是建立和完善村两委工作协调机制。
1、选拔任用机制。一是积极探索建立和试行村干部基本条件和任职资格制度，保证当选干部基本素质达到要求。二是严格执行村党支部选举“两推一选”制度，既由党推荐，又请村民推荐，再在党员中选举，扩大群众基础。三是建立村后备干部制度，在现有干部和后备干部中重点推荐候选人，进行教育培养，加强实践锻炼。四是探索和建立“两选联动”做法，提倡党支部书记及支委成员积极参选村委主任和委员，提高两委交叉兼职率，有条件的可以实行书记、主任两个职务 “一肩挑”。五是严格换届选举法律程序和要求，坚决查处不正常选举行为，保证选民依法行使权利。
2、思想教育机制。一是健全培训制度。对第一次当选的村干部，特别是主要干部，必须组织正规的上岗培训；县里每年对村两委主要领导培训一次；乡镇每年至少组织两委成员培训一次；继续加强村干部的“双证书”教育。二是完善学习制度。村两委成员坚持每月集中学习一次，由上级党委政府进行督促检查指导。三是丰富教育培训内容。重点学习政治理论、政策法规和领导方法等方面的知识，提高村干部思想政治理论水平和实际工作能力。四是建立谈心制度。通过乡镇党政领导与村两委班子集体谈话、找村干部谈心、村两委干部之间互相谈心，加强沟通和交流，统一思想，消除误解，化解矛盾。
（三）村事决策机制。一是明确重大问题的范围及标准。凡经济和社会发展规划，经济所得收入的管理使用，享受误工补贴的人数及标准，经济发展或公益事业项目的立项与招投标等涉及村民切身利益的事项，都要实现民主科学决策。二是坚持村两委联席会议议事制度。由支部书记和村委会主任碰头确定议题，书记召集村两委联席会议集体研究并形成决议，实行村级重大事项由村党支部和村委会联签联章，建立主要工作相互通报制度。三是充分发挥党员和村民代表在决策中的作用。村两委联席会议决议要按照先党内后党外的原则，先在党员大会上通过，然后由村民代表会议或村民大会表决通过，再交村委会具体实施。四是建立决策责任追究制度，对违规决策并造成严重后果的要坚决查处。