2、非正常损失不作进项税额转出。农产品在收购、储备、生产环节上因管理不善易发生霉变，形成非正常损失，按税收制度相关规定，企业应定期对存货进行盘点并作相应的账务处理，但部分企业依仗农产品难以盘点的特点而对这一
部分损失不按规定作增值税进项税额转出处理，从而多抵扣进项税额。
3. 瞒报收入，体外循环，账外经营。农产品受品质等级、年份季节、产地等因素的影响，在一定时期成分含量有所区别，其投入产出比也就不同。企业往往会以原料有效成分含量低、杂志较多、设备老化和技术水平不高为借口，扩大账面投入量，虚增原材料数量，减少产成品数量，为企业瞒报收入创造条件；而销售对象很复杂，终端市场相当部分消费者不主动索取正规发票，也为企业瞒报销售收入提供了可能。
4、产成品成本结转不实。农产品加工企业在计算完工产品的成本时，产成品耗用的直接材料的金额和数量，往往是以当月完工产品的数量乘以一个分配率倒挤出直接材料的耗用数量和金额。这种结转成本方法也出现在其他类型的工业企业中。这个人为设定的分配率与该行业的平均投入产出比率大体相当，如某大米加工企业采用的分配率就是正常的出米率68—74%之间的一个比例74%，而实际上该企业的直接材料的耗用比例是69%。分配率处于行业平均指标范围内时，隐藏在更深层面上的偷漏税问题不易被发现，所以说这种方法具有很强的欺骗性。现行企业所得税政策对于收入、费用等项目规定较为细致，而却忽视了成本对于企业应纳税所得的重要影响。税务机关在工作实践中对于工业企业成本的监管偏弱。
针对上述问题，部分地方的税务机关采取增值税最低税收负担率控管，其利弊较为明显。这一举措利于组织收入，防止企业利用收购发票偷漏税款。而不利于规范执法，并影响税收中性原则。弊端具体表现为：
（1）为保证税负水平，部分企业采取虚增收入、进项税额转出等手段申报，进项税额中农产品收购凭证进项税额所占比重可能出现100%情况。电费、运费、低值易耗品进项税额应抵不抵，造成企业纳税评估指标异常。
（2）增值和盈利能力不同的企业所承担的税负水平一致，而且内控税负指标单一，测算缺乏科学性，造成企业税负隐性不公。行业共性问题没有得到根本解决。
此外，部分地方的税务机关采取控制企业收购凭证领用量、驻点监督收购等方式进行管理，取得了一定的实效。我局曾利用“双耗”指标对农产品加工行业开展专项检查。“双耗”指标，就是农产品加工企业的“电耗”和“物耗”指标。这种管理方法是对每个加工企业涉及“电耗”和“物耗”的各项指标进行分析、整合，计算其产成品与用电量的关系、投入产出比、能耗比、物耗比等，为加强该行业的税收征管提供了实践依据。我局还采取管理员跟踪收购、入库等管理方式，加强对该行业的监控管理，使行业税负有了明显增长。归纳现有行之有效的征管经验，结合农产品收购企业的税收征管现状，我们提出以下征管建议：
1、建立农产品收购备案登记制度。
对农产品收购企业要进行备案登记，应要求其报送企业收购农产品的品种并附生产工艺流程、主要收购地点、主要产品直接材料耗用率、年生产能力、仓储能力、运输情况说明等资料。税务机关必须通过实地核查，核实有关部门情况，以便于动态掌握企业生产经营发生的变化，全面掌握企业信息，为深入监控打下基础。
2、运用“单位原材料应纳税额”开展评估分析。
部分地方的税务机关在运用这一方法的过程中积累了丰富的经验，实践证明，采用这一方法具有一定的评估分析实效。
企业的应纳税额=收购数量×（投入产出比×销售单价×适用税率-收购单价×法定扣除率）
将事情经过测算的企业投入产出比、销售单价、适用税率、收购单价、法定扣除率等指标代入公式，就得出了应纳税额与收购量的一个线型方程式，即应纳税额＝收购量×单位原材料应纳税额；然后将该企业取得的非农产品抵扣票据如电费、辅料采购、运费等所含的进项税额扣除，就是该企业的税负预警值。
3、建立“双预约”制度。
（1）建立预约定耗制度。预约定耗制度是指税企双方就产成品耗用原材料比例（即主要原材料投入产出比）或投入产出正常损耗率进行预先约定，用以确定农产品生产经营中的正常投入产出比和损耗率，控制企业产品产、销量及生产成本，解决企业销售收入不入账和虚开收购发票等问题的一项税收管理制度。预约定耗程序：纳税人向税源管理部门提出书面申请报告，税源管理部门在接到申请后，税收管理员实地调查核实该企业的生产经营情况、工艺流程，掌握原材料和产成品的投入产出比或正常损耗率，并参照同行业的国家标准和本地区同类行业近几年相关指标平均值，提出该企业农产品投入产出比或损耗率的意见，经税源管理部门评审，评审通过后送达企业。若纳税人对税务机关提出的农产品投入产出率或损耗率无异议，签署反馈意见后，双方就把其作为约定的农产品投入产出比或损耗率，企业今后的生产经营将依照执行。
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