（2）建立预约收购制度。农产品收购一般具有季节性强、品种单一、数量较大的特点。针对这一特点，国税部门可以要求纳税人在农产品收购前向税务机关提出预约收购申请，税务机关派员对收购现场情况进行监督，改事后收购凭证审核为事中收购行为监控，防止纳税人人为调节原料收购数量、价格，虚抵增值税进项税额。同时，如果是农产品产区，税务机关可以建立农产品收购价格参考机制，定期公布本地区农产品收购价格。在每月或每季纳税申报期结束后，税务机关发布农产品收购参考价格。企业收购价格低于税务机关采集的参考价格，按企业的收购价执行；高于税务机关采集的参考价格，则按税务机关公布的参考价格执行。
4、实行“实耗扣税法”。
税务机关应借鉴商贸企业辅导期一般纳税人取得进项发票先进行比对，待比对无误后抵扣的管理经验，改变目前农产品收购企业增值税抵扣方法，实行“实耗抵扣法”，将购进时全额抵扣，改为在购进时全额计提，记入待抵扣进项税额，在企业销售时按照实际耗用的数量计算进项税额，从待抵扣进项税额转入进项税额进行抵扣。纳税人只要不实现销售，进项税就不能抵扣，避免了纳税人一方面抵扣税款，另一方面又不计提销项税的双向逃税行为。同时又可以限制纳税人根据销售情况人为调整实现税款的行为，使税款均衡入库 ，这是解决农产品加工企业税负长期异常的一个合理、有效的手段。
税款抵扣可以按照以下公式进行：当期允许抵扣的购进免税农产品进项税额=（当期销售数量/农产品加工投入产出率）×平均购入单价×13%。
实耗扣税法在税收管理上具有以下优点：（1）降低管理成本。只要测算企业的投入产出比，就能有效控制企业的应交税金，堵塞偷税漏洞。（2）税收收入相对稳定。因不再受购进和库存的影响，企业税负率波动不大，在各期实现税收数量相对平稳，纳税评诂工作比较容易开展。（3）收购凭证的管理难度降低。因收购凭证不再作为企业抵扣税款的主要凭证，企业应交税金的多少与开票量没有直接的关系，自然会降低发票管理的难度。
5、控制收购业务资金支付手段。以资金流向控管农产品收购业务，以规范企业付款方式、账务处理为手段，掌握企业的资金流向。税务机关可以要求企业对收购农产品一次性付出现金在一定金额（如1000元）以上的业务改现金结算为银行结算；对付款方向与供货人不一致的，不得抵扣其进项税额。
6、明确责任，加强征、退（免）税部门配合。根据农产品退（免）税管理的特点，税务部门应制订行之有效的管理制度和办法，明确征、退（免）税部门岗位规程和责任，并从企业业务的真实性入手，充分利用出口退税预警系统，认真落实管理员制度，加强日常巡查，掌握企业生产经营情况，退（免）税部门在办理退（免）税前应认真搞好案头分析，会同管理员对业务真实性搞好实地的调查核实。
本文对于农产品收购企业征管问题的论述对于自行成立废旧物资收购经营单位或与之存在关联关系的用废企业的税收征管也具有一定的实践借鉴意义。
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