（二）专业合作组织管理运行不规范
大部分农民专业合作组织内部管理不规范，运行机制不健全，《章程》制订也不够规范，理事会、监事会等职能机构的作用发挥不明显，没有明确的约束机制，在实际运行中随意性大。
（三）专业合作组织社员整体素质偏低，利益关系松散
社员多数文化底子薄，缺乏市场经济必备的知识，自我发展的能力弱；社员之间利益关系松散，有好则和、不好则散，有利则和、遇险则散的现象普遍存在。
（四）依法登记注册意识较差
农民专业合作组织的成立依照有关法律法规，应到相关部门进行备案和登记注册。但从目前**市的情况来看，253个专业合作组织中到民政、工商或业务主管部门和科技协会部门履行备案和登记注册的只有156个，仅占总数的61.7%。
（五）支持农民专业合作组织的政策法规不健全，没有形成扶持发展的合力
一是农民专业合作组织面临资金困难。资金困难是合作组织创建初期和发展中普遍存在的问题。主要表现在三个方面：首先是农民自身不富裕，投入积极性不高。笔者在与合作组织和社员座谈时，大家讲到，当地农民收入水平还不高，除日常开销外节余较少，大家也需要合作组织提供各种服务，但要让农户出资入股，多数农民就退避三舍了。另一方面是政府扶持面小钱少。近年来国家、自治区、市县虽然出资扶持过一些专业合作组织，起到了很好的示范带动作用，但对于提高合作组织整体运营还远远不够。第三是金融贷款难度大。笔者在走访合作组织和社员时了解到，以合作组织名义几乎在金融部门贷不到款，即便通过各方协调同意贷款也要提供存款担保，有时只能以个人名义进行信贷。
二是缺少税收优惠政策。虽然《合作社法》已明确农民专业合作社享受税收优惠政策，但在实际中没有具体的实施办法。
四、发展农民专业合作组织的对策与建议
（一）坚持正确的指导思想，强力推动农民专业合作组织发展
要深入认识在现代市场经济条件下发展农民专业合作组织的特点和规律。新型农民专业合作组织的本质特征应是交易的联合。也就是说合作组织中起决定作用的因素是交易。合作组织的主要功能是为社员提供市场交易上的必要服务。
对于**市这些新型专业合作组织发展起步晚、发展不平衡的地区，应该调查研究，认真解决以下问题：一是进一步提高发展农民专业合作组织重要性的认识。使基层干部和广大群众真正知道自己在发展专业合作组织时应该干什么和不该干什么。二是坚持在家庭承包经营基础上发展专业合作组织。实行土地承包经营，是我国农村经营制度的基石，要长期坚持，决不动摇。只要不改变农户土地承包经营权和农民的财产所有权，切实按照合作制的基本原则，规范内部章程，完善经营机制，提供有效服务，能够帮助成员增加收入，就能得到越来越多农民的信赖和参与，就能受到农民的广泛欢迎。三是坚持专业合作组织的性质。明确是以专业农户为主体的专业性、技术性、经济性的合作组织，严格区别于一般的社会团体。四是坚持围绕农民增收的发展主线。合作组织是否有强大的生命力，关键是能否给合作组织成员增加收入。五是坚持民主自愿，不搞强迫命令，真正做到“民办、民管、民受益”。
（二）创新运行机制，增强农民专业合作组织内在发展动力
一是合理的利益分配机制。合作组织除了组织收购社员的农产品外，还要按照一定比例向社员返还一部分流通或加工环节的增值利润。有条件的合作组织应当实行股份制或股份合作制，实行股金分红，做到“风险共担、利益共享”。
二是科学的民主管理机制。要认真制订完善章程、制度、规定；合作组织的重大事项都要通过社员大会表决，实行一人一票制，民主管理、民主决策，避免农民利益受损。
三是积极的内部积累机制。有条件的合作组织要设立公积金、公益金、风险保障金，增强合作组织的发展后劲。
四是健全的自我服务机制。建立农副产品销售、农资供应、技术指导、信息引导等服务网络。
五是有效的监管约束机制。要建立监事会，作为内部的监察和监督机构；要实行社务公开、财务公开，严防共有纯粹浪费和流失。
（三）把发展农民专业合作组织与农业产业化有机结合起来
以产业化方式经营农业已成为现代农业的重要特征。推进农业现代化必须建成农工贸、产加销一体化的产业体系。只有当农民的生产变为商品生产，农副产品成为加工企业的原料或直接进入消费市场时，农民为了保护自己的利益，使自己的产品适应市场的需求，取得较高的回报，才出现了专业合作组织。因此，要鼓励多渠道、多形式、多层次兴办专业合作组织。要发挥农村各类生产大户、营销大户、农民经纪人在生产、经营、购销等方面的优势组建合作组织；要扶持基层农业技术部门利用其技术优势组建合作组织；要引导各类农副产品加工企业利用资金、信息、管理和加工、流通优势组建合作组织；鼓励基层供销组织和其他部门利用其人员、场地、经营优势组建合作组织，真正形成多元化发展专业合作组织的新格局。目前，政府把发展奶牛园区建设、蔬菜种植业、粮油深加工、皮毛加工贩运业、特色种植业和农副产品市场建设作为农业发展的主攻方向。通过建立和发展农民专业合作组织，推动农业产业化经营链条上产销环节的有机衔接，有利于完善农业产业化运行机制，提升农业产业化水平。