然而，正如其他许多教育改革运动一样，校本管理并非“尽善尽美”，我们对它需要有一个正确的认识。
1．校本管理不是解决所有问题的惟一手段
学校中存在的问题有很多，其中既有教育教学方面的问题，也有管理方面的问题。校本管理只是一种学校管理改革实践，我们不能期望它解决所有问题。除了校本管理之外，还有其他许多可供选择的好方法，我们不能因为校本管理的出现而停止了对其他方法的研究与探索。
2．实行校本管理需要防止校长专权
在决定校本管理的形式及其效果方面，校长起到了至关重要的作用。有学者发现，不论实行何种形式的校本管理，实际上都变成了某种形式的行政控制模式。因此，校本管理实质上增加了校长的权力。如果这种权力没有相应的制衡机制加以约束的话，很有可能导致校长专权，从而使整个改革的努力都付之东流。这是在实行校本管理的过程中应该竭力避免的。
3．实施校本管理需要采取一系列的支持性措施
校本管理的实施只是为提高学校的有效性提供了条件，能否达成预期目标还取决于是否采取了一系列的支持性措施。如校长、教师、家长、社区必须对学生有较高的期望；学校、学校人员必须被赋予机会去改变他们当前的实践；学校人员必须具有变革的意向，愿意承担责任，付出努力；要注意学校人员能力的培养与提高等等。
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